У меня опыт несколько более устаревший (система работает уже два года)
Windows 2008R2, Starwind 5.4, VMware 4.1. из-за ошибок в прошивке Adaptec 6405 пару лет назад перезагрузки СХД были делом регулярным (в конце 2011 наконец ошибки Adaptec выгреб и с тех самых пор СХД не перезагружался). Проблем не было.- после перезагрузки ВМ продолжали работать без проблем.
ДРугое дело, что если раздавал физические диски (есть там такая функция), то из 30 лунов 4 заявляли о том, что путь к ним есть, но пассивен (и это при условии, что путь был только один). Побеждалось танцами - на контроллере созавал раздел меньшего раздела, а потом в 2-3 этапа увеличивал. После того, как диски становились доступны мог делать все, что угодно, в т.ч. перезагружаться и без проблем. При раздаче виртуальных проблем вообще не было.